用于控制医院感染的基因组测序

时间:2017-10-28 01:03:01166网络整理admin

道格拉斯天堂(Douglas Heaven)当疾病爆发得到确认时,跟踪感染源并控制其传播是一场与时间的竞赛能够在几天内对细菌基因组进行测序的技术在去年成功用于追踪爆发后证明是至关重要的 2011年7月15日,一名43岁的妇女在接受耐药的肺炎克雷伯菌治疗后,从位于马里兰州贝塞斯达的一家研究医院 - 国立卫生研究院(NIH)临床中心243个床位出院三周后,尽管有严格的检疫程序,医院工作人员还是发现了第二起病例但传统的遗传指纹技术,即脉冲场凝胶电泳(PFGE),无法区分两种确诊病例中的菌株美国国立卫生研究院临床中心的副医院流行病学家塔拉帕尔莫尔说,这种技术太粗糙了她说,即使这两种菌株是在不同的大陆上获得的,PFGE也会建议它们是相同的因此,国家人类基因组研究所的Julie Segre和她的同事们,他们是医院研究小组的成员,决定对菌株的基因组进行测序 “这是我一生中做过的最有趣的工作,”塞格雷说 “我们在这里陷入了真正的危机,试图弄清楚发生了什么”感染率以每周约一个新病例的速度蔓延到17人因此,6名患者直接死亡但是测序数据 - 显示了感染情况之间的精确差异,直至细菌基因组中的单个遗传字母 - 使医院工作人员能够准确地确定它是如何传播的当从两名患者中获取的序列在遗传上相似时,仔细检查这些患者的共同特征同样,如果两名患者的感染没有在基因上接近,那么就不会进行调查研究人员发现,原来的病人已经感染了两个人,他们都不是第二个确诊病例塞格雷说:“控制病人的措施还不够”该发现还表明症状可能仍然隐藏 “这改变了我们的警惕感,”她说这项工作有助于确定和消除传播途径 - 例如,更换医院水槽中的管道以控制传播速度 “我们利用这些信息来改变医院的做法,”塞格雷说 “它将脉冲场凝胶电泳从水中吹出,”Palmore说但基因组测序不适用于所有病原体例如,结核分枝杆菌 - 结核病背后的病原体 - 具有非常“紧密”的基因组,塞格雷说,这意味着世代之间的微小差异可能不会出现随着基因组测序设备变得更便宜和更快,测序可以成为医院爆发标准响应的一部分吗剑桥大学的Sharon Peacock说:“很高兴看到这项研究,他之前曾提倡将基因组测序用于医院的疫情控制 “这将导致一个改变,”她说但我们还没有首先,NIH临床中心受益于研究经费和临床医生和研究人员的紧密团队,使其成为案例研究的非典型主题 “解决结果的解释之一就是其中一个障碍,”她说 “你不会想要在每家医院都有一屋子的生物信息学家”Peacock看到了对自动化解释工具的需求 - 例如许多不同微生物物种的序列在线百科全书 - 其中分析的结果可以被查找和交叉参考的 “答案的质量只会与数据库一样好,”她说期刊参考:Science Transactional Medicine,DOI:10.1126 / scitranslmed.3004129关于这些主题的更多信息: